{"id":2134,"date":"2024-04-10T12:52:02","date_gmt":"2024-04-10T10:52:02","guid":{"rendered":"http:\/\/10.128.3.28\/?page_id=2134"},"modified":"2025-08-29T11:58:36","modified_gmt":"2025-08-29T09:58:36","slug":"proyecto-galemys-alineamiento-ensamblado-y-secuenciacion-del-genoma-del-desman-de-los-pirineos","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/computaex.es\/en\/proyectos\/proyecto-galemys-alineamiento-ensamblado-y-secuenciacion-del-genoma-del-desman-de-los-pirineos\/","title":{"rendered":"Galemys: Alineamiento, ensamblado y secuenciaci\u00f3n del genoma del desm\u00e1n de los Pirineos"},"content":{"rendered":"<div class=\"field field-name-field-proy-investigadores field-type-text-long field-label-above\">\n<div class=\"field-label\" style=\"text-align: justify;\"><strong>Researchers:\u00a0<\/strong><\/div>\n<div class=\"field-items\" style=\"text-align: justify;\">\n<div class=\"field-item even\">\n<ul>\n<li>Juan Luis Garc\u00eda Zapata, Universidad de Extremadura (<a href=\"https:\/\/www.unex.es\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">UEx<\/a>).<\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"field field-name-field-proy-objetivos field-type-text-long field-label-above\" style=\"text-align: justify;\">\n<div class=\"field-label\"><strong>Objectives:\u00a0<\/strong><\/div>\n<div class=\"field-items\">\n<div class=\"field-item even\">\n<p>Se propone realizar la secuenciaci\u00f3n, alineamiento y construcci\u00f3n de una base de datos gen\u00f3mica a partir de extracci\u00f3n de ADN completo del Desm\u00e1n de los Pirineos (Galemys pyrenaicus), as\u00ed como desarrollar la infraestructura bioinform\u00e1tica necesaria para su comparativa con otros genomas pertenecientes a especies de micromam\u00edferos, aplicando metodolog\u00edas de Deep Learning y Aprendizaje por Refuerzo.<\/p>\n<p>Las t\u00e9cnicas gen\u00f3micas de construcci\u00f3n de la base de datos, de procesamiento y comparaci\u00f3n demandan tanto gran capacidad de almacenamiento como gran capacidad de c\u00f3mputo, tanto por volumen de datos como por el uso de algoritmos estad\u00edsticos y combinatorios espec\u00edficos de este campo, lo que implica el uso de instalaciones de altas prestaciones (High performance computing, HPC), as\u00ed como metodolog\u00edas de computaci\u00f3n cient\u00edfica espec\u00edficas en el campo de la bioinform\u00e1tica.<\/p>\n<p>Se cuenta con el apoyo de un equipo de investigadores que ha sido integrante de diversas colaboraciones con la Administraci\u00f3n para usar m\u00e9todos moleculares para la identificaci\u00f3n de la especie desm\u00e1n, evaluaci\u00f3n de su variabilidad gen\u00e9tica e identificaci\u00f3n individual, incluyendo la diferenciaci\u00f3n de otras especies insect\u00edvoras que comparten h\u00e1bitat. Otra parte del equipo proponente, de base tecnol\u00f3gica, aporta experiencia en computaci\u00f3n cient\u00edfica as\u00ed como tambi\u00e9n en el an\u00e1lisis para optimizaci\u00f3n del rendimiento de plataformas HPC y el uso de GPU (graphics processing unit) en aprendizaje profundo y otras t\u00e9cnicas de inteligencia artificial. En particular para el proyecto se pretende no solo el estudio del genoma del desm\u00e1n junto con el desarrollo de pipelines de an\u00e1lisis gen\u00f3mico de esta especie, sino tambi\u00e9n la aplicaci\u00f3n de herramientas basadas en t\u00e9cnicas de Deep Learning en la comparativa de genomas, que hasta ahora ven\u00eda haci\u00e9ndose mediante m\u00e9todos estad\u00edsticos cl\u00e1sicos.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"field field-name-field-proy-publicaciones field-type-text-long field-label-above\" style=\"text-align: justify;\">\n<div class=\"field-label\"><strong>Publicaciones y congresos:\u00a0<\/strong><\/div>\n<div class=\"field-items\">\n<div class=\"field-item even\">\n<ul>\n<li>\u201cAnalytical communication performance models as a metric in the partitioning of data-parallel kernels on heterogeneous platforms\u201d. Juan A. Rico-Gallego, Juan Carlos D\u00edaz Mart\u00edn, Carmen Calvo-Jurado, Sergio Moreno-\u00c1lvarez, and Juan-Luis Garc\u00eda Zapata. The Journal of Supercomputing, 75(3):1654\u20131669, 2019.<\/li>\n<li>\u201cClustering Vertex-Weighted Graphs by Spectral Methods\u201d. Juan-Luis Garc\u00eda-Zapata, Clara Gr\u00e1cio. Mathematics 2021, 9(22), 2841.<\/li>\n<li>\u00abCalero-Bernal R, Sant\u00edn M, Maloney JG, Mart\u00edn-P\u00e9rez M, Habela MA, Fern\u00e1ndez-Garc\u00eda JL, Figueiredo A, N\u00e1jera F, Palacios MJ, Mateo M, Balseiro A, Barral M, Lima-Barberoi JF, K\u00f6ster PC, Carmena D. Blastocystis sp. Subtype Diversity in Wild Carnivore Species from Spain. J Eukaryot Microbiol. 2020 Mar;67(2):273-278. doi: 10.1111\/jeu.12772. Epub 2019 Nov 26. PMID: 31691450.<\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"field field-name-taxonomy-vocabulary-4 field-type-taxonomy-term-reference field-label-hidden\"><\/div>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Investigadores:\u00a0 Juan Luis Garc\u00eda Zapata, Universidad de Extremadura (UEx). 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