{"id":2569,"date":"2024-04-11T09:25:39","date_gmt":"2024-04-11T07:25:39","guid":{"rendered":"http:\/\/10.128.3.28\/?page_id=2569"},"modified":"2025-08-29T11:57:05","modified_gmt":"2025-08-29T09:57:05","slug":"proyecto-estirpex-2","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/computaex.es\/en\/proyectos\/proyecto-estirpex-2\/","title":{"rendered":"Estirpex-2"},"content":{"rendered":"<div class=\"field field-name-field-proy-investigadores field-type-text-long field-label-above\">\n<div class=\"field-label\"><strong>Researchers:\u00a0<\/strong><\/div>\n<div class=\"field-items\">\n<div class=\"field-item even\">\n<ul>\n<li><a href=\"\/en\/\">COMPUTAEX<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"field field-name-field-proy-descripcion field-type-text-long field-label-above\">\n<div class=\"field-label\"><strong>Description:\u00a0<\/strong><\/div>\n<div class=\"field-items\">\n<div class=\"field-item even\">\n<p class=\"rtecenter\"><img fetchpriority=\"high\" decoding=\"async\" class=\"aligncenter\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2025\/01\/estirpex-2_1.png\" alt=\"\" width=\"623\" height=\"683\" \/><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">El proyecto\u00a0<a href=\"\/en\/proyectos\/proyecto-estirpex\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Estirpex\u00a0<\/a>supuso el despliegue de software libre en la infraestructura de\u00a0<a href=\"\/en\/lusitania\/\">LUSITANIA<\/a>, para procesar la\u00a0secuencia gen\u00e9tica de determinados exomas, almacenar la\u00a0informaci\u00f3n generada y filtrar y visualizar los resultados\u00a0obtenidos; pero tambi\u00e9n, la apertura de una serie de l\u00edneas\u00a0de trabajo destinadas a la optimizaci\u00f3n de los procesos de\u00a0obtenci\u00f3n de informaci\u00f3n de alto nivel, relacionada con los\u00a0estudios de secuenciaci\u00f3n masiva realizados.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">La experiencia que, la\u00a0Fundaci\u00f3n\u00a0<a href=\"\/en\/descripcion-la-fundacion\/\">COMPUTAEX<\/a>\u00a0ha\u00a0demostrado en el desarrollo de otros proyectos del \u00e1mbito\u00a0de la sanidad, se ve reforzada por el auge que el concepto\u00a0Precision Medicine est\u00e1 experimentando, de lo que se\u00a0deduce que el momento en el que se enmarca el desarrollo\u00a0de Estirpex-2 es inmejorable.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">El proyecto Estirpex-2 persigue, bajo la\u00a0Estrategia RIS3\u00a0(Estrategia de Investigaci\u00f3n e Innovaci\u00f3n\u00a0para la Especializaci\u00f3n Inteligente de Extremadura,\u00a0\u00c1reas de Excelencia de la salud y de Excelencia de las\u00a0TIC), la continuidad del trabajo desarrollado en el proyecto\u00a0<a href=\"http:\/\/www.cenits.es\/proyectos\/proyecto-estirpex\">Estirpex<\/a>. Concretamente, Estirpex-2 se\u00a0corresponde con el estudio, desarrollo y despliegue de\u00a0servicios para sectores econ\u00f3micos relevantes en la regi\u00f3n\u00a0que puedan beneficiarse de la tecnolog\u00eda de secuenciaci\u00f3n\u00a0gen\u00e9tica masiva (NGS, Next-Generation Sequencing),\u00a0apoyada en el uso de la supercomputaci\u00f3n.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">Estirpex-2 persegu\u00eda ampliar las investigaciones y los trabajos realizados durante el proyecto\u00a0<a href=\"\/en\/proyectos\/proyecto-estirpex\/\">Estirpex<\/a>\u00a0desplegando de un cat\u00e1logo de servicios de ultra-secuenciaci\u00f3n, que permitiera a los sectores econ\u00f3micos m\u00e1s relevantes de la regi\u00f3n el acceso a las ventajas que ofrece la secuenciaci\u00f3n masiva.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">El despliegue de dichos servicios supon\u00eda la asunci\u00f3n de responsabilidades en materia de seguridad, debido a la naturaleza sensible de la informaci\u00f3n que pod\u00eda tratarse. Por tanto, era necesaria la realizaci\u00f3n de un estudio de seguridad que estableciera las medidas que deb\u00edan implementarse para un adecuado cumplimiento legal.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"field field-name-field-proy-objetivos field-type-text-long field-label-above\" style=\"text-align: justify;\">\n<div class=\"field-label\"><strong>Objectives:\u00a0<\/strong><\/div>\n<div class=\"field-items\">\n<div class=\"field-item even\">\n<ul>\n<li>Estudiar las implicaciones\u00a0t\u00e9cnicas asociadas a cada actividad del proyecto.<\/li>\n<li>Implantar soluciones software para apoyar el despliegue de un servicio\u00a0NGS del cat\u00e1logo.<\/li>\n<li>Analizar la seguridad de los activos y sistemas de informaci\u00f3n\u00a0asociados con el servicio.<\/li>\n<li>Acercar los servicios del cat\u00e1logo a los sectores econ\u00f3micos de la regi\u00f3n que pudieran estar interesados, haciendo hincapi\u00e9 en el valor a\u00f1adido que la secuenciaci\u00f3n del genoma de especies aut\u00f3ctonas, animales y vegetales, pudiera tener en el sector primario.<\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"field field-name-field-proy-metodologia field-type-text-long field-label-above\">\n<div class=\"field-label\" style=\"text-align: justify;\"><strong>Metodolog\u00eda:\u00a0<\/strong><\/div>\n<div class=\"field-items\">\n<div class=\"field-item even\">\n<p style=\"text-align: justify;\">La primera fase del proyecto ha consistido en un an\u00e1lisis pormenorizado de las implicaciones\u00a0t\u00e9cnicas asociadas a cada una de las actividades del proyecto:<\/p>\n<ul>\n<li style=\"text-align: justify;\">T\u00e9cnicas y m\u00e9todos bioqu\u00edmicos, as\u00ed como\u00a0el equipamiento necesario,\u00a0para llevar a cabo\u00a0un proceso de ultra-secuenciaci\u00f3n gen\u00e9tica.<\/li>\n<li style=\"text-align: justify;\">Prestaciones de los secuenciadores disponibles en el\u00a0mercado (coste, precisi\u00f3n, tiempo empleado, cantidad\u00a0de pares de bases generadas, etc.).<\/li>\n<li style=\"text-align: justify;\">Estudios de secuenciaci\u00f3n masiva m\u00e1s apropiados\u00a0seg\u00fan la plataforma utilizada (resecuenciaci\u00f3n,\u00a0ensamblado de genomas, etc.).<\/li>\n<li style=\"text-align: justify;\">Software necesario para procesar\u00a0las secuencias gen\u00e9ticas de los estudios m\u00e1s t\u00edpicos que se\u00a0pueden llevar a cabo con los secuenciadores que hay\u00a0actualmente en el mercado, a saber: resecuenciaci\u00f3n,\u00a0ensamblado de genomas (de Novo sequencing) y RNA-Seq.<\/li>\n<li style=\"text-align: justify;\">Infraestructura\u00a0que permita, no s\u00f3lo la obtenci\u00f3n de resultados gen\u00e9ticos de alto\u00a0nivel en un tiempo lo m\u00e1s bajo posible, sino que el uso de los\u00a0recursos computacionales se optimice (Cloud Computing).<\/li>\n<li style=\"text-align: justify;\">Valor estrat\u00e9gico de los servicios:\u00a0dado el peso que el sector primario posee en la econom\u00eda de la\u00a0regi\u00f3n, la colaboraci\u00f3n entre miembros del\u00a0<a href=\"https:\/\/\/en\/secti.gobex.es\/\">SECTI<\/a>\u00a0(Sistema\u00a0Extreme\u00f1o de Ciencia, Tecnolog\u00eda e Innovaci\u00f3n) u otras\u00a0entidades especializadas en el mundo animal y vegetal con\u00a0<a href=\"\/en\/descripcion-la-fundacion\/\">COMPUTAEX<\/a>, podr\u00eda ser muy enriquecedora para la regi\u00f3n.<\/li>\n<\/ul>\n<p class=\"rtecenter\"><img decoding=\"async\" class=\"aligncenter\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2025\/01\/estirpex-2_2.png\" alt=\"\" \/><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">Durante el desarrollo de Estirpex-2 se han implantado\u00a0soluciones software para apoyar el despliegue de un servicio\u00a0NGS del cat\u00e1logo:<\/p>\n<ul>\n<li style=\"text-align: justify;\">Prototipo, en la plataforma\u00a0<strong>OpenNebula<\/strong>, para el procesamiento autom\u00e1tico de secuencias generadas por un servicio de resecuenciaci\u00f3n, incluyendo herramientas manuales de interpretaci\u00f3n.<\/li>\n<li style=\"text-align: justify;\">Software para la construcci\u00f3n y edici\u00f3n de pedigr\u00edes por parte de los especialistas en consejo gen\u00e9tico.<\/li>\n<\/ul>\n<p class=\"rtecenter\">\u00a0 \u00a0\u00a0<img decoding=\"async\" class=\"aligncenter\" src=\"\/wp-content\/uploads\/2025\/01\/estirpex-2_3.png\" alt=\"\" \/><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"field field-name-field-proy-objetivos-alcanzados field-type-text-long field-label-above\">\n<div class=\"field-label\" style=\"text-align: justify;\"><strong>Objetivos alcanzados:\u00a0<\/strong><\/div>\n<div class=\"field-items\" style=\"text-align: justify;\">\n<div class=\"field-item even\">\n<ul>\n<li>Establecimiento de un cat\u00e1logo de servicios de procesamiento y an\u00e1lisis de secuencias gen\u00e9ticas obtenidas mediante t\u00e9cnicas de ultra-secuenciaci\u00f3n en el <a href=\"\/en\/descripcion-centro\/\">Extremadura Supercomputing Center<\/a>.<\/li>\n<li>Establecimiento de las medidas de seguridad necesarias para preservar la seguridad de la informaci\u00f3n de los activos envueltos en la provisi\u00f3n de servicios de ultra-secuenciaci\u00f3n.<\/li>\n<li>Estado del arte del uso de t\u00e9cnicas de ultra-secuenciaci\u00f3n de especies animales y vegetales y sus posibles aplicaciones en Extremadura, tales como la caracterizaci\u00f3n de denominaciones de origen o la catalogaci\u00f3n de especies aut\u00f3ctonas.<\/li>\n<li>Desarrollo de la herramienta\u00a0<strong>PedigreeX<\/strong>, la cual facilita la realizaci\u00f3n de pedigr\u00edes de manera interactiva facilitando esta labor a los consejeros gen\u00e9ticos.<\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"field field-name-field-proy-financiacion field-type-text-long field-label-above\">\n<div class=\"field-label\" style=\"text-align: justify;\">Sources of funding:<\/div>\n<div class=\"field-items\">\n<div class=\"field-item even\">\n<p style=\"text-align: justify;\">Estirpex-2 forma parte de CENITAL 2, un proyecto de innovaci\u00f3n e investigaci\u00f3n desarrollado bajo el Programa Operativo FEDER Extremadura 2007-2013, dentro del Eje 1 \u00abDesarrollo de la Econom\u00eda del Conocimiento\u00bb.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<div class=\"field field-name-field-proy-web field-type-text-long field-label-above\">\n<div class=\"field-label\"><strong>Web:\u00a0<\/strong><\/div>\n<div class=\"field-items\">\n<div class=\"field-item even\">\n<p><a href=\"\/en\/proyectos\/proyecto-estirpex\/\">https:\/\/www.computaex.es\/enlaces\/proyectos\/proyecto-estirpex<\/a><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Investigadores:\u00a0 COMPUTAEX Descripci\u00f3n:\u00a0 El proyecto\u00a0Estirpex\u00a0supuso el despliegue de software libre en la infraestructura de\u00a0LUSITANIA, para procesar la\u00a0secuencia gen\u00e9tica de determinados exomas, almacenar la\u00a0informaci\u00f3n generada y filtrar y visualizar los resultados\u00a0obtenidos; 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